隨著液態(tài)活檢的快速發(fā)展,采用體液對(duì)患者的分子特征進(jìn)行分析成為可能,特別是基于循環(huán)腫瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)的高通量測(cè)序(next generation sequencing,NGS)技術(shù),因其無(wú)創(chuàng)或微創(chuàng)、檢測(cè)時(shí)間短、能夠反映瘤內(nèi)和轉(zhuǎn)移灶異質(zhì)性、可動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)治療療效等優(yōu)勢(shì)而在臨床得到越來(lái)越廣泛的應(yīng)用。與腫瘤組織樣本相比,采用ctDNA進(jìn)行基因檢測(cè)在樣本收集和處理、檢測(cè)技術(shù)要求、結(jié)果解讀和臨床應(yīng)用等方面存在諸多不同,且目前國(guó)內(nèi)尚缺少ctDNA基因檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn),因此限制了其在臨床上的規(guī)范應(yīng)用。
為此,中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)腫瘤標(biāo)志專業(yè)委員會(huì)組織國(guó)內(nèi)腫瘤臨床、病理、檢驗(yàn)、生物信息分析和高通量檢測(cè)領(lǐng)域?qū)<?,參考?guó)內(nèi)外 ctDNA 臨床應(yīng)用共識(shí)、指南和最新文獻(xiàn),結(jié)合國(guó)內(nèi)外現(xiàn)有的高通量測(cè)序技術(shù)要求和臨床實(shí)踐,從ctDNA的生物學(xué)特征、臨床應(yīng)用價(jià)值和范圍、高通量檢測(cè)的標(biāo)準(zhǔn)要求及其未來(lái)發(fā)展趨勢(shì)等方面提出本共識(shí),以促進(jìn)ctDNA NGS的健康規(guī)范發(fā)展。
ctDNA概述
專家共識(shí)1
ctDNA是由腫瘤細(xì)胞主動(dòng)分泌或腫瘤細(xì)胞在凋亡或壞死過(guò)程中釋放入循環(huán)系統(tǒng)的DNA片段;其豐度受多種因素影響,波動(dòng)較大,在內(nèi)外因素特別是治療壓力下,其攜帶的生物信息可能會(huì)發(fā)生演變,且受正常細(xì)胞胚系變異或克隆性造血細(xì)胞體系突變干
擾,在臨床檢測(cè)和報(bào)告解讀過(guò)程中應(yīng)特別注意。
ctDNA NGS檢測(cè)的臨床應(yīng)用
1、ctDNA NGS檢測(cè)在腫瘤伴隨診斷中的價(jià)值
專家共識(shí)2:目前已有臨床證據(jù)支持ctDNA NGS檢測(cè)可應(yīng)用于肺癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌等晚期實(shí)體腫瘤的伴隨診斷,但涉及的驅(qū)動(dòng)基因及其變異類型與相應(yīng)分析體系均有嚴(yán)格限定,若超適應(yīng)癥應(yīng)用時(shí),建議與患者就檢測(cè)必要性、檢測(cè)費(fèi)用以及局限性等內(nèi)容進(jìn)行充分知情。ctDNA NGS檢測(cè)已被國(guó)內(nèi)外專家共識(shí)或指南建議作為多種晚期惡性腫瘤組織基因檢測(cè)的替代方式,但依據(jù)其分析結(jié)果實(shí)時(shí)制定臨床治療策略時(shí)仍需高級(jí)別循證證據(jù)支持。
2、ctDNA NGS檢測(cè)對(duì)腫瘤治療療效評(píng)估及預(yù)后風(fēng)險(xiǎn)分層的價(jià)值
專家共識(shí)3:晚期實(shí)體腫瘤分子靶向或免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療開始后,基于NGS檢測(cè)的ctDNA水平定量和動(dòng)態(tài)變化分析,有望成為新興的療效評(píng)估途徑。ctDNA MRD檢測(cè)是全新的個(gè)性化技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域,尚難以建立通用性技術(shù)標(biāo)準(zhǔn),亟待通過(guò)大樣本、多中心、前瞻性的臨床試驗(yàn)驗(yàn)證其臨床效用。ctDNA NGS檢測(cè)在臨床上用于靶向或免疫治療評(píng)估和分層時(shí),建議就檢測(cè)價(jià)值、局限性和費(fèi)用等進(jìn)行充分知情。
3、ctDNA NGS檢測(cè)用于腫瘤獲得性耐藥機(jī)制分析的價(jià)值
專家共識(shí)4:在臨床環(huán)境中,ctDNA NGS檢測(cè)可用于識(shí)別分子靶向治療的耐藥機(jī)制,尤其對(duì)于疑難復(fù)雜的腫瘤患者,該結(jié)果有助于后續(xù)的治療選擇決策。免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療獲得性耐藥機(jī)制復(fù)雜,治療選擇壓力下的腫瘤亞克隆演進(jìn)僅為其部分原因,ctDNA靶向測(cè)序、全外顯子和(或)全基因組檢測(cè)僅作為其轉(zhuǎn)化研究工具之一。
ctDNA NGS檢測(cè)的標(biāo)準(zhǔn)
專家共識(shí)5
ctDNA NGS檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室質(zhì)量管理需貫穿全程,ctDNA收集、樣本處理和自動(dòng)化過(guò)程應(yīng)按照標(biāo)準(zhǔn)化和臨床驗(yàn)證程序進(jìn)行,最大程度防范因操作差異而引發(fā)的假陰性可能。樣本采集建議采用含細(xì)胞穩(wěn)定劑的抗凝管,盡快完成血漿分離,提取的cfDNA建議在24 h內(nèi)進(jìn)行后續(xù)檢測(cè),否則,置于-30 ℃至-15 ℃下儲(chǔ)存并避免反復(fù)凍融。
專家共識(shí)6
ctDNA NGS檢測(cè)應(yīng)根據(jù)項(xiàng)目需求選擇技術(shù)路線,可依據(jù)檢測(cè)基因數(shù)量及覆蓋范圍大小選擇不同測(cè)序策略。在進(jìn)行基于ctDNA的超高靈敏度突變檢測(cè)時(shí),建議使用分子標(biāo)簽技術(shù)和優(yōu)化對(duì)應(yīng)的生物信息分析設(shè)置,以降低由于測(cè)序平臺(tái)隨機(jī)誤差導(dǎo)致的假陽(yáng)性結(jié)果;建議通過(guò)建立測(cè)序噪音和克隆性造血背景庫(kù)的方法降低克隆性造血及背景噪音帶來(lái)的影響。
專家共識(shí)7
ctDNA NGS臨床檢測(cè)報(bào)告應(yīng)包含受檢者基本信息、樣本信息、實(shí)驗(yàn)室信息、檢測(cè)項(xiàng)目、檢測(cè)結(jié)果及變異解讀、檢測(cè)方法的實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部驗(yàn)證結(jié)果、檢測(cè)局限性及不確定性以及進(jìn)一步檢測(cè)的建議等內(nèi)容。實(shí)驗(yàn)室應(yīng)建立報(bào)告SOP,建議根據(jù)國(guó)內(nèi)外文獻(xiàn)、共識(shí)指南、臨床試驗(yàn)證據(jù)和實(shí)踐對(duì)檢出的腫瘤基因突變進(jìn)行分類或分級(jí)報(bào)告。
ctDNA NGS檢測(cè)臨床應(yīng)用展望
基于ctDNA NGS檢測(cè)的bTMB具有免疫檢查點(diǎn)抑制劑療效預(yù)測(cè)價(jià)值,但仍有諸多因素影響bTMB檢測(cè)在臨床中的應(yīng)用,未來(lái)還需開展更多的前瞻性臨床研究。機(jī)器學(xué)習(xí)等人工智能算法不僅能降低假陽(yáng)性、提高靈敏度,還能有效整合多維度的異質(zhì)信息進(jìn)行全面分析,大幅提高ctDNA數(shù)據(jù)效力,是ctDNA數(shù)據(jù)分析的主要方向。
全國(guó)共有49家實(shí)驗(yàn)室報(bào)名參加,其中45家提交有效結(jié)果,僅23家通過(guò)評(píng)價(jià)活動(dòng),通過(guò)率為51.1%。
由中國(guó)臨床腫瘤學(xué)會(huì)(CSCO)主辦的"2020年中國(guó)臨床腫瘤學(xué)年度進(jìn)展研討會(huì)"近日于線上順利召開,會(huì)上專家學(xué)者們對(duì)2020CSCO消化道腫瘤指南更新做了總結(jié),近幾年頗受關(guān)注的免疫治療在新版指南中地位突顯,地位相較于舊版指南有所提升。
由伯明翰大學(xué)癌癥研究中心英國(guó)臨床試驗(yàn)小組領(lǐng)導(dǎo)的一項(xiàng)開拓性的肺癌研究強(qiáng)調(diào)了下一波精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)研究,特別是治療基因組復(fù)雜癌癥需要考慮的重要因素。