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同源重組修復（homologous recombination repair，HRR）是DNA雙鏈斷裂（double strand break，DSB）的首選修復方式。同源重組修復缺陷（homologous recombination deficiency，HRD）通常指細胞水平上的HRR功能障礙狀態，可由HRR相關基因胚系突變或體細胞突變以及表觀遺傳失活等諸多因素導致，常存在于多種惡性腫瘤中，其中在卵巢癌、乳腺癌、胰腺導管癌、前列腺癌等腫瘤中尤其突出。

HRD會產生特定的、可量化的、穩定的基因組改變，可通過建立基于基因組特征分析的評估體系來預測腫瘤HRD狀態及其程度，已成為晚期卵巢癌患者臨床應用聚腺苷二磷酸核糖聚合酶［poly（ADP-ribose）polymerase，PARP］抑制劑的新型生物標志物，也可能對乳腺癌、前列腺癌等腫瘤的PARP抑制劑和鉑類藥物的臨床用藥具有指導價值。

本共識圍繞HRD定義描述、HRD腫瘤臨床病理與分子特征、HRD檢測的臨床應用價值、HRD檢測樣本選擇、HRD檢測技術選擇與確認、HRD算法標準化及HRD臨床檢測和應用的問題等關鍵點，結合國內外應用現狀，為臨床提供7條HRD臨床檢測與應用專家共識。希望本專家共識可以提高臨床醫師及檢測等相關人員對HRD臨床意義及檢測規范的認識，從而更加準確合理地開展HRD檢測及結果解讀，為患者提供更優質的臨床服務。

HRD定義描述

HRD的臨床應用

2.1 HRD腫瘤臨床病理及分子特征

專家共識：HRD是惡性腫瘤較為常見的分子標記，卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌、胰腺癌發生率較高；HRD陽性卵巢癌、乳腺癌表現出一定的臨床病理學特征，BRCA相關的遺傳性乳腺癌和卵巢癌表現更顯著。HRD是較穩定的惡性腫瘤分子標記，其評估通常不受腫瘤取材部位（同一部位不同病灶或原發和轉移病灶）影響。

2.2 HRD臨床檢測的應用價值

專家共識：HRD臨床檢測在PARP抑制劑治療晚期卵巢癌療效預測中具有重要的應用價值，可對卵巢癌患者進行分層，優化相應治療決策，最大限度擴大PARP抑制劑臨床獲益人群；在乳腺癌、胰腺癌、前列腺癌中，其對PARP抑制劑或含鉑類藥物的臨床應用可能也具有潛在的指導價值，相關研究尚在探索中。另外，我國尚無獲批的HRD檢測試劑，臨床實施檢測時應依據患者腫瘤類型、分期與診療史，并在患者充分知情同意前提下，選擇與適應證和（或）擬應用的PARP抑制劑種類最匹配且經嚴格性能驗證的商業試劑盒。

對于擬開展HRD項目檢測的實驗室，應參照《醫療器械監督管理條例》（國務院令第739號）相應要求，并遵照衛生行政部門的管理規定，滿足高通量測序的硬件和規范要求。

3.1 HRD檢測樣本要求

3.1.1   檢測樣本選擇   

HRD檢測樣本為腫瘤組織，分為甲醛固定石蠟包埋組織和新鮮組織，建議優先選擇石蠟樣本。石蠟包埋組織樣本：建議送檢3年以內（1年之內更好）的石蠟切片，厚度4~5 μm，10張左右；應由病理醫師確定腫瘤類型，并觀察腫瘤細胞的含量和數量（腫瘤細胞占比≥30%），以保證有足夠的腫瘤細胞用于HRD檢測；若腫瘤細胞含量不足，應標記腫瘤細胞區域，并富集腫瘤細胞，盡可能避免出血和壞死區域，以保證檢測結果的準確性。新鮮組織樣本：手術樣本不小于米粒大小（≥10 mg），穿刺樣本不少于肉眼可見的1條。樣本離體30 min內轉移至液氮或置于-80 ℃冰箱保存，亦可先保存于樣本保護劑中，然后盡早轉移到-80 ℃冰箱保存，防止核酸降解。新鮮組織因評估腫瘤細胞比例困難，故不推薦作為常規檢測樣本類型，如需使用可采用冷凍切片染色評估腫瘤細胞含量。此外，建議提供患者配對外周血樣本作為非腫瘤對照樣本，這有助于了解胚系BRCA1/2 和HRR基因突變情況，也有助于HRD評分時進行倍性矯正。方法為采集2~5 mL 血液樣本于EDTA 抗凝管中，充分顛倒混勻8~10次，避免血液凝固，常溫運送至檢測實驗室；待測樣本置于4 ℃冰箱保存，并在2 h內處理。如需長期保存，應置于-20 ℃冰箱保存，避免反復凍融。

3.1.2   核酸提取與質控建議   

專家共識：HRD檢測優先選擇3年以內的石蠟包埋腫瘤組織，并觀察腫瘤細胞的含量和數量，以保證有足夠的腫瘤細胞用于檢測；若含量不足，應進行富集，盡可能避免出血和壞死區域。新鮮組織不推薦作為常規檢測樣本類型，若使用需先評估其腫瘤細胞含量。建議提供患者配對外周血作為非腫瘤對照樣本，這有助于了解胚系BRCA1/2以及其他HRR相關基因突變情況。

3.2 檢測技術選擇與確認

HRD的臨床檢測方法可分為三大類：HRR相關基因突變檢測，基因組瘢痕與突變譜系分析以及HRD功能性檢測。其中，HRD功能性檢測通常是通過評估RAD51在DNA損傷時形成功能性同源重組所需核焦點的能力，實時反饋腫瘤細胞的HRD狀態。然而，HRD功能性檢測預測PARP抑制劑的臨床有效性尚未被證實，且在樣本選擇、分析體系建立上也存在一定局限性，因此尚難以在臨床上規范應用。

3.2.1   HRR相關基因檢測   

BRCA1/2基因突變是引起HRD最明確的HRR基因，也是迄今為止最理想的PARP抑制劑療效預測標志物。卵巢癌BRCA胚系突變與體細胞突變對PARP抑制劑的療效預測具有同等效力。除BRCA1/2 基因外，如RAD51B/C/D、BRIP1、PALB2、NBN、ATM、CHK1/2、CDK12 等HRR相關基因胚系和（或）體細胞突變也會導致腫瘤發生HRD。基于Study19研究的回顧性分析發現，攜帶CDK12、RAD51B、BRIP1 等基因突變與攜帶BRCA1/2 基因突變的患者接受奧拉帕利維持治療獲得類似的PFS獲益。但是，由于攜帶上述基因突變的個體較為罕見，相應結果仍需更多前瞻性研究證實。其中，在前列腺癌中尤其重視HRR相關基因檢測，在經恩雜魯胺或醋酸阿比特龍治療進展后的mCRPC成人患者的奧拉帕利治療決策中，NCCN指南推薦進行BRCA1、BRCA2、ATM、BARD1、BRIP1、CDK12、CHEK1、CHEK2、FANCL、PALB2、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD54L以及PPP2R2A 等15個HRR相關基因檢測，且檢測變異類型應包括點突變、插入/缺失、擴增等。BRCA1和RAD51C啟動子甲基化也會導致HRD，通常在腫瘤組織內與BRCA 基因突變互斥，但目前尚缺乏足夠證據表明HRR基因啟動子甲基化與PARP抑制劑的臨床療效有關，甚至存在相互沖突的研究結果。

3.2.2   基于SNPs的“基因組瘢痕”分析   

目前也可以基于SNPs分型評估整個基因組層面的3種“基因組瘢痕”現象（LOH、TAI、LST）的總體情況，并進行HRD評分。HRD基因組瘢痕檢測可采用芯片或NGS平臺，當前大多已從芯片平臺轉移至NGS平臺。有研究利用TCGA數據庫中乳腺癌的SNP-array和WES檢測數據，評價不同檢測平臺數據在HRD數值計算中的差異，結果3個數值均表現出顯著相關性。其中，Myriad myChoice CDx和FoundationFocus^TM CDx BRCA LOH是當前經諸多前瞻性研究驗證的應用最為廣泛的商業化試劑盒。Myriad myChoice CDx包含BRCA1/2 基因編碼區和54 091個人群SNPs，綜合計算LOH、TAI和LST 3個指標，當患者BRCA基因突變陽性或HRD評分超過42分時判定為HRD陽性。FoundationFocus^TM CDx BRCA LOH通過覆蓋22條染色體上324個基因的3 500個SNPs，計算發生LOH的片段占整個基因組的比例，LOH高的截斷值為≥16%，HRD陽性定義為BRCA突變型或BRCA野生型但LOH高。目前我國尚未見批準基于SNPs的“基因組瘢痕”的HRD臨床檢測試劑盒，Myriad myChoice CDx和FoundationFocus^TM CDx BRCA LOH也缺乏應用于中國人群的大樣本前瞻性臨床研究數據，未來亟待推進相應試劑盒的開發與臨床驗證工作。此外，相應Panel設計應符合我國人群的分子遺傳學特征，SNPs位點的選擇應注意把握2個要點：一是位點的分布需相對均勻，以避免某些區域出現未覆蓋的情況；二是需要盡可能地覆蓋更多的雜合位點。要確保實現上述2個目標，HRD Panel設計上應優先選擇中國健康人群頻率在0.4~0.6之間的SNPs位點；同時需避免覆蓋嚴重偏離哈迪-溫伯格平衡以及探針無法穩定覆蓋的位點。

3.2.3   基于突變譜系特征的分析  

專家共識：基于SNPs的“基因組瘢痕”分析是當前最具應用前景的HRD臨床檢測方法，能從BRCA野生型腫瘤患者中有效篩選出PARP抑制劑治療的潛在獲益人群。當前亟待推進我國相應合規試劑盒的開發與驗證工作，其SNPs位點選擇與Panel設計應著重把握我國人群的分子遺傳學特征，并積極倡導聯合開展PARP抑制劑前瞻性多中心臨床研究驗證。

3.3 HRD算法的標準化及精準化

HRD評分是反映腫瘤樣本因HRR通路異常而導致的腫瘤樣本基因組不穩定的情況，目前主要通過2個步驟計算HRD評分：⑴通過檢測關鍵的HRR基因變異評估產生HRD的原因；⑵通過檢測基因組損傷的程度計算基因組不穩定狀態的評分；然后綜合上述2個步驟的結果評估HRD的狀態。前者可通過NGS測序檢測發生在HRR通路上的特定基因的變異情況評估，后者主要通過分析腫瘤樣本基因組上的SNPs計算基因組不穩定狀態的評分。

3.3.1   基于全基因組范圍內高密度SNP位點檢測的HRD評分計算   

目前在臨床檢測中HRD評分主要應用基于高密度全基因組SNP-array或NGS基因組SNP骨架探針檢測結果，并結合與HRD相關基因變異與基因組不穩定的程度進行分析。首先，檢測BRCA1/2有害突變、BRCA1啟動子甲基化等指標，再通過高密度的SNP位點信息，分析由這些分子機制導致的基因組不穩定情況，匯總LOH、LST、TAI等拷貝數變異指標計算HRD評分，然后進一步通過PARP抑制劑治療療效劃定HRD 評分的閾值，從而建立完整的HRD檢測分析流程。

Myriad myChoice CDx采用的HRD評分算法是通過患者腫瘤樣本中的體細胞拷貝數變異（somatic copy number variants，SCNV）程度來反映患者HRD程度，簡要的生信分析及HRD評分計算方法有以下幾個步驟：⑴對腫瘤樣本和對照樣本檢測范圍內的SNP位點的覆蓋度進行預處理；⑵將相近的SNP位點合并成同一區段；⑶根據上一步的分段結果確定每個區段的SCNV，確定LOH、LST、TAI分值，進一步匯總為HRD評分。由此可見，HRD評分算法的準確性主要基于患者腫瘤樣本SCNV檢測的準確性。ASCAT軟件計算SCNV時可將腫瘤細胞純度和整體腫瘤倍性作為重要參數，并將其帶入計算，從而得到每個區段的拷貝數，以增加區段拷貝數的檢測準確性。針對WGS測序的Sequenza軟件通過標準化SNPs覆蓋度減少高通量測序帶來的噪音，ABSOLUTE和Sclust軟件還可以根據患者的體細胞突變情況，通過不同模型的聚類分析展現腫瘤細胞的亞克隆情況，進一步調整SCNV的準確性。

3.3.2   基于WGS或WES的HRD評分計算   

基于高密度全基因組SNP-array或NGS基因組SNP骨架探針的檢測結果可以對基因組瘢痕進行檢測及計算而得到基因組不穩定狀態的評分，基于基因組全面覆蓋的WGS 或WES方法的檢測結果還能同時分析得到高HRD評分腫瘤樣本所具有的微同源缺失、COSMIC 突變特征結構變異等基因組學特征。有證據表明綜合基因組不穩定狀態的評分以及HRD相關基因組學特征獲得的HRD評分結果準確度更高。然而，WGS檢測所需的高DNA上樣量、高測序數據量以及無法涵蓋HRR信號通路的體細胞突變等缺點限制了其在臨床上的應用。因此，綜合檢測所需樣本量、數據量、體細胞突變，可采用高深度WES加高密度SNPs方法，對腫瘤樣本中HRR信號通路中的遺傳性突變、體細胞突變及基因組不穩定性狀態同時進行全面檢測。隨著WES檢測成本降低及檢測技術不斷成熟，WES檢測有可能成為準確評估HRD的檢測方法，為患者接受PARP抑制劑治療提供精確指導。

3.3.3   人工智能模型輔助HRD評估分析   

專家共識：在HRD臨床檢測中，基于SNPs位點信息進行HRD評分計算的準確度主要依賴于對SCNV的準確分析；同時，通過WGS、WES等檢測技術獲取更多的基因組信息，有助于進一步提升HRD評分計算的準確度；應用人工智能技術輔助分析HRD的多維度特征，已展示出高效識別HRD陽性人群的潛在優勢。必須強調的是，任何一種檢測方法、評分計算方法和判斷標準在臨床正式應用前，都需要經過嚴格的性能分析與臨床效能驗證。

3.4 HRD報告建議 

3.4.1   HRD報告應包含的內容  

 ⑴基本信息：

①受檢者信息，包括姓名、性別、年齡、臨床診斷、病理診斷、基因檢測史、家族史和臨床治療史等；

②樣本信息，包括樣本類型、病理號、樣本采集時間、送檢機構、送檢醫生、送檢日期和報告時間等；

③項目簡介，包括檢測方法、檢測平臺、檢測內容（包括基因數量、Panel大小等）、文庫構建和參考基因組，數據分析流程、軟件及版本等。

④樣本質量情況，如腫瘤細胞占比。

⑵檢測結果：

①質控結果，包括Q30、測序深度、覆蓋度等；②BRCA1/2突變狀態、HRR相關基因突變狀態、HRD評分和結果釋義等。

⑶檢測結果注釋：

①HRD評估，包括BRCA1/2致病性變異、其他涉及HRR信號通路的相關基因變異，表征基因組不穩定性的HRD評分及閾值判定規則，以及聯用BRCA1/2有害變異與HRD 評分進行HRD狀態判定的規則。

②結果解讀，包括是否有明確的閾值說明，不同癌種、不同PARP抑制劑應列明不同閾值與用藥的相關性臨床試驗證據支持，伴隨診斷的藥物推薦。

③基于BRCA 基因突變陽性患者涉及胚系遺傳的提醒，建議其直系親屬檢測是否攜帶該突變。

⑷簽字：

檢測技術人員及審核人員簽字，最終報告應由中級職稱或碩士以上學歷且具有病理學專業背景、經培訓合格的本單位執業醫師或授權簽字人（高級職稱或醫學博士學位）審核。

⑸局限性說明：

根據腫瘤類型、受檢樣本類型、檢測Panel以及相關臨床研究結果等信息對HRD 臨床應用的局限性進行說明。

3.4.2   HRD報告臨床解讀建議   

專家共識：HRD臨床檢測報告內容除重點描述BRCA1/2 等HRR相關基因變異情況以及GIS計算數值外，還應針對相應癌種的PARP抑制劑療效預測價值進行解讀；HRD評分閾值判定與不同癌種、不同PARP抑制劑及其相應適應證有關。同時，目前尚缺乏HRD評分應用于中國人群PARP抑制劑療效預測的大樣本臨床研究數據，報告應著重闡述其檢測的局限性。

HRD臨床檢測和應用的問題與展望

目前臨床上主要通過檢測基因組瘢痕或HRR基因突變間接評估HRD的狀態，但哪些生物標志物應納入HRD狀態評估尚無統一標準，在HRD評估中也還有許多問題亟待解決：

⑴HRR通路基因分布廣泛，與其他通路有交叉情況，國內外對HRR基因的定義不明確，缺乏統一標準；

⑵不同HRR基因的功能不同，其在HRD評估中的作用缺乏量化指標；

⑶HRD發生的機制復雜，單純HRR通路基因突變檢測可能造成HRD結果假陰性，因此檢測結果陰性不能排除HRD；

⑷大片段缺失等變異類型需要在HRD評估中充分考慮并進行驗證；

⑸基因組瘢痕是HRD的表現形式，只能反映某段時間的基因組不穩定狀態，而不能準確評估回復突變導致的同源重組功能重建情況；

⑹不同的HRD評估方法及HRD評分算法是非等效的，各種評估方法的預測效能和檢測結果一致性等尚缺乏標準化驗證方案；

⑺HRD檢測的標準品選擇及性能驗證方法有待完善；

⑻不同腫瘤類型的HRD評分閾值可能不同，因此需要通過臨床試驗評估不同腫瘤類型HRD閾值對鉑類藥物或PARP抑制劑的療效預測效能。

HRD作為泛癌種生物標志物在臨床應用中還處于起始階段，泛癌種中HRD與免疫檢查點抑制劑的相關性值得進一步研究。目前國內外有多個研究機構正在多癌種中開展HRD評分狀態與HRR相關基因，以及與免疫檢查點抑制劑單藥或聯合用藥療效相關性的臨床試驗。在2021年的美國婦科腫瘤學會（SGO）年會上公布了一項Ⅲ期臨床試驗，該研究首次探索了免疫檢查點抑制劑在BRCA1/2突變和HRD卵巢癌患者中的療效，以及BRCA1/2突變和HRD與腫瘤突變負荷的相關性。

總之，HRD檢測和臨床應用的標準化仍任重而道遠，但其應用前景值得期待。未來隨著基因檢測技術的飛速發展，HRD評估方法的不斷完善，以及越來越多臨床醫師、病理醫師、分子檢測人員、臨床藥師和腫瘤生物學專家更深入和廣泛地參與腫瘤精準醫療，相信HRD的精準評估將會進一步提高腫瘤診療水平，讓更多腫瘤患者獲益。